Долгие годы в Индонезии бесконтрольно вырубались девственные леса, а в результате охоты на грани вымирания оказались многие виды животных, включая эндемиков. С 80-х годов правительство страны очень серьезно взялось за сохранение экосистем островов. На территории страны функционирует 50 национальных парка, причем 6 из них входят в список всемирного наследия ЮНЕСКО. Существуют парки на Яве, Сулавеси, Калимантане, Суматре, Малых Зондских островах, Молуккских островах и Новой Гвинее. Бромо-Тенгер-Семеру на Яве примечателен рядом действующих вулканов. Является популярным местом среди любителей треккинга и хайкинга, хотя подъем на действующие вулканы сопряжен с опасностью. На территории также протекает множество рек, есть озера и единственное в стране песчаное море, эрг. Здесь проживает удивительная коммуна тенгресси, сохранившая языческие верования и приносящая подношения вулкану Бромо.

Практически вся площадь парка Бетунг Керихун занята борнейскими горными и равнинными тропическими лесами. На территории проживает более 300 видов птиц и 54 вида млекопитающих, среди которых редкий борнейский орангутанг. Данау-Сентарум на Калимантане представляет собой систему озер и болот. 23 вида млекопитающих являются эндемиками, то есть не встречаются более нигде в мире. Здесь также проживает популяция орангутангов.

Национальный парк Комодо находится на Малых Зондских островах. Здесь проживает одна из самых удивительных рептилий в мире – комодский варан. Эта огромная ящерица впервые была открыта в 1911 году и наделала шума в научном мире. Длина взрослой особи достигает 3 м., причем вараны являются хищниками.

Гигантские заболоченные леса покрывают территорию парка Бербак на Суматре. Здесь проживают редкие, исчезающие виды животных, в том числе суматранский тигр, чепрачный тапир, суматранский носорог. Гористый Гунунг-Лёсер включает сразу несколько экосистем и является объектом всемирного наследия. Это одно из немногих мест, где сохранилась популяция суматранских орангутангов. Сембиланг на Суматре – это тысячи километров торфяных болот и заболоченных и мангровых лесов. Благоприятные условия привлекают множество птиц, среди которых серые клювачи и яванские марабу, относящиеся к уязвимым видам, а также малайские шерстистошейные аисты, белоголовые утки, охотские улиты, относящиеся к вымирающим видам. Копирайт www.orangesmile.com

77 видов птиц обитают только на Сулавеси. Их можно встретить в национальном парке Лоре-Линду, состоящем преимущественно из равнин. Озеро Линду – единственный крупный водоем. Некоторые животные также больше нигде не встречаются: это бабирусса, сулавесская цивета, тонгский макак. Кроме сохранения экосистем, парк ставит целью сохранить уникальные археологические находки. На территории найдено несколько сотен доисторических мегалитов, некоторые из которых представляют собой древнейшие скульптуры.

Высочайшая точка парка Лоренц – гора Пунчак-Джая, высота которой достигает почти 5 000 м. над уровнем моря. На территории парка существует несколько экосистем. Парк – один из самых неизученных в стране, причем это касается не только его территории, но и фауны и флоры. Не все виды, живущие в парке изучены и классифицированы, так что ученых могут ожидать удивительные открытия. В парке обитают более 600 видов птиц, причем некоторые из них находятся под угрозой исчезновения, например, шлемоносный казуар. Всего несколько лет назад был открыт и описан новый вид кенгуру, древесный валлаби. Место является одним из древнейших ареалов расселения человека разумного на земле. На территории парка проживает несколько коренных племен.

В парке Манусела, что на острове Серам, живет 14 эндемичных видов птиц, включая благородного зелёно-красного попугая и пурпурношапочного широкохвостого лори. Парк является единственным местом обитания молуккского какаду, которое охраняется государством. Птица находится под угрозой исчезновения из-за нелегального отлова и продажи.

Самый большой морской парк страны носит название Телух-Кендеравасих. На территории произрастает более 150 видов кораллов. Кроме водных ресурсов, включает прибрежную полосу, мангровые заросли и рифы. В парке водится более 200 видов рыб, несколько видов черепах и моллюсков. В деревнях на территории парка проживают представители коренных народов.

Васур в провинции Папуа наименее всех природных территорий Индонезии пострадал от рук человека. Большую часть его занимают саванны, являющиеся прекрасной средой обитания для сотен видов птиц. 80 видов птиц встречается только в данном регионе, что является рекордом для национальных парков страны. Также здесь встречается несколько видов крокодилов.